Prenaseljena velemesta, revno podeželje ter slabo razvita zdravstvena služba so temeljni razlog številnih nalezljivih obolenj.

Malarija je endemična v večini de-žel osrednje Afrike do nadmorske višine okoli 2500 metrov. Povzročitelji malarije so že odporni proti zdravilom, na primer proti klorokvinu. Okužba je mogoča vse leto. Za obisk podsaharske Afrike popotnikom priporočamo profilakso za malarijo.

Pomembna je tudi zaščita pred piki komarjev (zaščitne mreže in odvračalo). Cepljenje proti rumeni mrzlici (za trajno zaščito zadošča en odmerek) je obvezno za obisk skoraj vseh držav podsaharske Afrike. Veliko tveganje je predvsem pri popotnikih, ki se dlje časa zadržujejo v podeželskih predelih in potujejo po gozdovih. Mogoč je tudi prenos s človeka na človeka (urban yellow fever).

Onhocerkoza ali rečna slepota je bolezen, ki jo povzroča glista Onhocerca volvulus in je endemična v centralni Afriki. Okužbo prenašajo mušice.

Visceralna oblika lišmanioze je pogosta v vzhodnem in južnem Sudanu.

Spalna bolezen ali tripanosomiaza prenaša muha ce -ce iz rodu Glossina sp., povzročitelj pa je bičkar Trypanosoma. Ločimo vzhodno in zahodno afriško obliko. Vbod muhe je zelo boleč, pojavi se podkožni vozlič, ki po nekaj tednih izgine. Razvita oblika bolezni se kaže s povišano telesno temperaturo, srbenjem kože, povečanimi bezgavkami, oteklino obraza in pordelo kožo. Prizadet je tudi centralni živčni sistem. Bolezen je pogosta v Sudanu, Angoli, Kongu in Ugandi.

Povratna vročica je v Kongu, Keniji in Mozambiku.

Tungiaza je bolezen, ki jo povzroča tropska peščena bolha. Živi v pesku, človek pa se okuži, če hodi bos. Bolha se zarine pod kožo med prsti nog. Nastane droben vozlič, ki boli in zelo srbi. Bolho lahko odstranimo s pinceto. Tungiaza je pogosta v vzhodni Afriki. Zelo pogosta so tudi obolenja prebavil.

Kolera je pogostejša kot v severni Afriki, prav tako trebušni tifus, hepatitis A, drakunkuloza in ehinokoza. Drankunkulozo povzroča največja tropska glista. Človek se okuži s pitjem vode, v kateri so okuženi rakci.

Poliomielitis (otroška paraliza) je endemski skoraj v vseh državah osrednje Afrike.

Nevarnost shistosomioze je velika v sladkih vodah, na primer na dobro obiskanem jezeru Malavi.

V vzhodni Afriki se v zadnjih letih pojavljajo epidemije denge. Vendar je nevarnost manjša kot v Aziji in Južni Ameriki.

Razširjene so tudi druge hemoragične mrzlice, na primer ebola, marburg, lassa, rift valley in krimsko – kongoška mrzlica.

Na Sejšelskih otokih, Maritiusu, Reunionu in otoku Mayotte se je v začetku tega leta pojavila epidemija vročice chikungunya.

Meningokokni meningitis se pojavlja v sušnem obdobju v tako imenovanem meningitisnem pasu podsaharske Afrike, ki sega od Malija do Etiopije. Večino epidemij povzroča serotip A. Najbolj so ogroženi popotniki, ki so v tesnem stiku z lokalnimi prebivalci in bivajo na ogroženem območju več kakor en mesec. Cepljenje s polisaharidnim cepivom ščiti pred okužbo in ga priporočamo ogroženim skupinam popotnikov. Bolezenski znaki so: zvišana telesna temperatura, glavobol, bruhanje, otrdel vrat in pogostokrat tudi krvavitve.

Kuga se občasno pojavlja predvsem v vzhodni Afriki.

Zelo pogosta je tuberkuloza, predvsem v večjih mestih. Podobno je tudi s hepatitisom B. Za Afriko je značilna pandemija aidsa. Več kot polovica prebivalcev subsaharske Afrike je okuženih z virusom HIV. Tveganje za popotnike je veliko pri nezaščitenih spolnih odnosih in morebitni transfuziji krvi. Tudi primeri drugih spolno prenosljivih bolezni se številčno povečujejo.

Steklina je endemska v podsaharski Afriki, prenaša pa se z ugrizom domačih ali divjih živali. V primeru ugriza katere koli živali je treba rano ustrezno oskrbeti in poiskati zdravniško pomoč.

Priporočljiva je tudi zaščita proti tetanusu.

Pred potovanjem je priporočljiv posvet v ambulanti za popotnike z ustreznim strokovnjakom za potovalno medicino. Popotniki in turisti naj si pred potovanjem uredijo ustrezno zdravstveno zavarovanje z asistenco v tujini.

Pri vzponih na visoke gore, na primer Kilimandžaro se moramo vzpenjati počasi, da bi preprečili nastanek višinske bolezni. Pri daljšem bivanju v tujem kulturnem in etničnem okolju je mogoč nastanek sindroma kulturnega šoka. Med obiskom v deželah s slabo razvito zdravstveno službo priporočamo, da popotniki na pot poleg potovalne lekarne in sanitetnega materiala vzamejo tudi sterilne igle in brizgalke, ki bi jih po potrebi lahko uporabilo medicinsko osebje. Popotniki potrebujejo tudi spremno pismo za carino oziroma policijo v angleškem jeziku s popisom vse opreme in zdravil.