V Južni Ameriki so številne eksotične bolezni podobne tistim v drugih tropskih deželah sveta, nekaj pa je specifičnih za to celino. Kakovost zdravstvenega varstva je v posameznih državah zelo različna, vendar je v vsaki državi nekaj vrhunskih bolnišnic, ki so namenjene tujcem. Velikokrat so večje težave z dostopnostjo do zdravnika, predvsem v džungelskih predelih Amazonke ali v gorskem svetu Andov. V ruralnih podeželskih predelih Južne Amerike je še vedno v ospredju tradicionalna medicina. Tropski del celine sega od obal Tihega oceana prek vrhov Andov (5000 do 7000 metrov nadmorske višine), tropskega deževnega gozda ob Amazonki do savane na severu in jugu.

Tako kot drugod v tropskem svetu imajo tudi tu pomembno vlogo komarji, ki prenašajo povzročitelja malarije, ki je prisotna v vseh desetih državah tropske Amerike. Za izbor zdravila se odloči zdravnik v ambulanti potovalne medicine po posvetu s popotnikom. V deželah Južne Amerike je mogoče kupiti antimalarike tudi v številnih priročnih drogerijah ali na tržnicah brez recepta. Popotnikom vsekakor odsvetujemo takšen nakup, prav tako pa tudi različna zelišča in drevesne gobe ne ščitijo človeka pred malarijo ali jo celo pozdravijo. Ne smemo pozabiti na odvračala z visokim zaščitnim faktorjem in na zaščitne mreže, kadar odhajamo na popotniško različico potepanja po džungli.

Rumena mrzlica je virusna hemoragična mrzlica, ki jo povzročajo flavivirusi in jo v večini primerov prenašajo komarji iz skupine Aedes aegypti. Bolezen se pojavlja le v Afriki in Južni Ameriki. Najboljša zaščita je cepljenje proti rumeni mrzlici, ki je trenutno edino obvezno cepljenje po priporočilih Svetovne zdravstvene organizacije. Potrdilo o cepljenju zahteva večina držav v endemičnem območju ob vstopu v državo, nekatere države ga zahtevajo tudi po prihodu iz endemičnega območja. Cepljenje je priporočljivo za potovanja v endemična območja tudi, če ni uradno zahtevano, saj epidemije lahko izbruhnejo nenapovedano. Pri popotnikih, ki niso cepljeni, je tveganje zelo veliko. Cepivo je izdelano iz oslabljenega virusa; dovolj je en odmerek cepiva. Zaščita traja najmanj 10 let, toliko časa pa velja tudi potrdilo o cepljenju.

K južnoameriškim hemoragijskim mrzlicam spadajo tudi: argentinska, brazilska, bolivijska in venezuelska hemoragična mrzlica. Vse omenjene mrzlice povzročajo virusi iz družine Arenaviridae. Le-ti povzročajo kronično okužbo glodavcev, predvsem miši. Človek se okuži z vdihavanjem izločkov glodalcev. Bolezen se lahko prenaša tudi neposredno s človeka na človeka (npr. s spolnimi odnosi). Inkubacijska doba traja 1 do 2 tedna. Poleg krvavitev je zelo pogosto znamenje tudi prizadetost centralnega živčnega sistema. Cepivo obstaja samo za argentinsko hemoragično vročico.

Denga je razširjena na severnem delu celine, ob vzhodni brazilski obali, ob meji med Argentino, Brazilijo in Paragvajem ter v Peruju.

Ameriška tripanosomoza (Chagajeva bolezen) je bolezen, ki jo povzroča zajedavec Trypanosoma cruzi. S svojimi izločki ga prenašajo različne okužene žuželke, ki živijo v špranjah zidov revnih stanovanjskih hiš in v hlevih z domačimi živalmi. Okužba nastane, ko okuženi izloček pride na sluznico ali poškodovano kožo človeka. Na koži nastane rdeča oteklina, imenovana chagom. Po nekaj dneh se poviša telesna temperatura, pojavijo se utrujenost, bruhanje, povečane bezgavke, kožni izpuščaj ter okvare nekaterih notranjih organov. Po 4 do 8 tednih težave lahko prenehajo spontano. Pri dobri tretjini bolnikov bolezen preide v kronično obliko, za katero je značilna prizadetost srca in prebavil. Za to bolezen ni zdravila. Zdravimo jo z benzidazolom in nifurtimoksom. Najboljša zaščita popotnikov sta zaščita pred vbodom žuželk in pravilna izbira prenočišč na potovanju.

Lišmanioza je bolezen, ki se prenaša s pikom peščenih muh in je razširjena v tropskih deželah. Kožna oblika bolezni se kaže v obliki multiplih kožnih vozličev, velikih do 6 cm, ki pogosto v sredini ulcerirajo. Bolezen je prisotna v Braziliji in Paragvaju, nekoliko manj pa v Venezueli in Kolumbiji. Znaki visceralne oblike bolezni se lahko pojavijo tudi več mesecev po vbodu, in sicer opazimo povišano telesno temperaturo, povečane bezgavke, jetra in vranico ter hujšanje. Najboljša zaščita sta uporaba odvračal in pravilna obutev.

Rečna slepota (onhocerkoza) je bolezen, ki se razvije pri popotnikih, ki so dolgo živeli na endemičnem območju. Okužbo prenašajo mušice, ki med sesanjem krvi v rano spustijo ličinke. Te dozorijo v odrasle gliste, ki živijo v podkožnih vozličih. Z oplojevanjem nastane veliko ličink, imenovanih tudi mikrofilarije, ki se razširijo po vsem telesu. Lahko povzročijo tudi sklerorizirajoči keratitis in s tem izgubo vida (rečna slepota). Bolezen je razširjena v posameznih rečnih predelih Ekvadorja, Venezuele, Surinama, Gvajane in severne Brazilije.

Bartoneloza (vročica Oroya) je bolezen, katere povzročitelj je bakterija, ki jo prenaša peščena muha. Pojavlja se v gorskih dolinah Peruja, Ekvadorja in jugozahodne Kolumbije na nadmorski višini od 600 do 2800 metrov. Posamezni primeri kuge se občasno pojavljajo v Braziliji, Boliviji, Ekvadorju in Peruju. Nevarnost shistosomoze je med kopanjem v stoječih vodah Brazilije, Venezuele in Surinama. Kožno razjedo buruli povzroča mikobakterija. Prenos okužbe ni jasen. Razjeda se lahko celi več let in pušča obsežne brazgotine. Pogosta je v Francoski Gvajani.

V Južni Ameriki so zelo pogosta tudi vnetja prebavil, ki jih povzročajo bakterije pa tudi virusi in zajedavci.

Zelo veliko je tveganje za hepatitis A, zato je priporočljivo ustrezno cepljenje.

V Peruju, Ekvadorju, Boliviji in Gvajani je veliko bolnikov, ki imajo tuberkulozo, povzročitelj bolezni pa je že odporen proti različnim zdravilom. Nevarnost za popotnike je v primeru daljšega tesnega stika in življenja z bolniki.

V Južni Ameriki se povečuje tudi število spolno prenosljivih bolezni. Najvišja prevalenca HIV je v Gvajani in Surinamu, hepatitisa B pa v Peruju, Severni Braziliji, Južni Kolumbiji in Venezueli.

V Južni Ameriki steklino prenašajo tudi netopirji.

Poleg vsega je ponekod na tej celini tudi velika nevarnost ugrizov in pikov divjih živali.

Med potovanjem po ameriški celini so za zdravje nevarne tudi kaotične razmere v prometu in kriminal predvsem v velikih mestih.

Višinska bolezen je pogost pojav med popotniki v Južni Ameriki, in sicer ne samo med planinci na klasičnih turah, ampak tudi med turisti, ki pogosto z letalom priletijo na letališča, ki so na visoki nadmorski višini (npr. La Paz). Višinska bolezen je posledica individualnega odziva organizma na pomanjkanje kisika. Sposobnost prilagajanja na okolje z višjo nadmorsko višino se med posamezniki zelo razlikuje. Ko je preseženo področje tolerance, se pojavijo znamenja, ki jih označujemo kot višinska bolezen. To so slabost, bruhanje, glavobol, oteženo dihanje in razdražljivost. Življenje ogrožata višinski pljučni edem in višinski možganski edem. Ob pojavu znamenj višinske bolezni je nujen takojšen spust, kajti nadaljevanje vzpona bi bilo lahko smrtno nevarno. Poiskati je treba tudi zdravniško pomoč. Višinsko bolezen preprečujemo s postopnim oziroma počasnim vzponom. Piti moramo dovolj tekočine, dosledno pa se izogibamo alkohola. Sopotniki naj se med seboj opazujejo, saj bodo drug pri drugem hitreje opazili začetna znamenja višinske bolezni.